Ciencia abierta

¿Qué porcentaje de los estudios publicados son reproducibles?

Elementos para la reproducibilidad

• Escritura abierta:

  • texto simple/plano, libre de software comercial
  • citas
  • documentos dinámicos

• Flujo de trabajo documentado y reproducible

• Carpeta de proyecto autocontenida y transferible

• Repositorio con datos y código de análisis abierto

• Control de versiones

Flujo de trabajo con procesador de texto tradicional

Abriendo el archivo de escritura tradicional

Desventajas del procesador tradicional

Inspiración

Funcionamiento de escritura simple / plana

Marcas de edición

• Vínculo entre escritura en texto simple (input) y output

Principales Alternativas escritura simple

Principales Alternativas escritura simple

Principales Alternativas escritura simple

Principales Alternativas escritura simple

Principales Alternativas escritura simple

Principales Alternativas escritura simple

Markdown, pandoc y renderización

Ejemplos de marcas de edición en Markdown

• Tutorial de markdown online

• Markdown cheatsheet

Problemas de reproducibilidad en documentos de investigación

Desafiando el modelo cortar & pegar

RMarkdown: Acepciones

Librería RMarkdown

• Instalar la librería (o actualizarla, si está cargada) : install.packages("rmarkdown")

• Al instalarla, también incorpora otras librerías (dependencies) que permiten trabajar y publicar con RMarkdown (como knitr y también tinitex, que permite generación documentos pdf vía Latex).

Escritura en RMarkdown

• permite incluir trozos de código (chunks) en el texto

• un chunk se especifica mediante una línea de código inicial ```{r}, y se cierra con ```

Aquí texto

```{r}
1 + 1
```

Aquí sigue el texto

Insertar chunks

Se pueden insertar rápidamente de la siguiente manera:

• Menú en ventana de RStudio Insert > R

• o, combinación Ctrl + Alt + i

Opciones (principales) de chunks

1. Mostrar código y resultado

2. Mostrar solo el código

3. Mostrar solo el resultado

4. No mostrar ni código ni resultado

5. Mostrar código sin ejecutarlo

6. Entregar resultado en formato directo (ej: html o latex)

Especificación de opciones

• las opciones se anotan dentro de la llave inicial posterior a la letra r: {r [opciones]}

• las opciones principales son:

  • mostrar código {r echo=TRUE/FALSE}
  • mostrar resultado {r results='markup'/'hide'}

• estas opciones se visualizan al momento de procesar el documento en algún formato de salida. A este procesamiento se le denomina renderizar (del ingles render ... no hay buena traducción)

1. Mostrar código y resultado (opción por defecto)

```{r}
1 + 1
```

(equivale a {r echo=TRUE results='markup'})

Renderiza

1 + 1

## [1] 2

2. Solo código, ocultando resultados:

```{r, results='hide'}
1 + 1
```

Renderiza:

1 + 1

3. Solo resultado

```{r, echo=FALSE}
1 + 1
```

Renderiza :

## [1] 2

4. Ni código ni resultado

```{r echo=FALSE results='hide'}
1 + 1
```

No renderiza

Se usa cuando se ejecuta un comando necesario pero que no se requiere/necesita dejar visible en el documento de salida (Ej: cargar base de datos)

5. Código sin ejecutar

```{r, eval=FALSE}
1 + 1
```

Se puede usar para dar un ejemplo de código que no requiere ser ejecutado

6. Resultado en formato directo de salida

```{r, results='asis'}
stargazer(datos1, type="html")
```

• se utiliza principalmente para comandos de generación de tablas, que arrojan un código que luego puede ser interpretado por otro lenguaje (por ejemplo, html o LaTeX)

Documentos en Quarto

• Quarto es un programa que permite renderizar documentos que contienen código (texto y análisis) a distintos formatos, tales como documentos RMarkdown

• Está disponible en para R en Rstudio, pero funciona como un programa aparte también para otros lenguajes (ej: Python)

• El documento se genera al presionar el botón render (que activa función de la librería)

Generar documento en Quarto (.qmd)

• RStudio: File > New File > Quarto document

• se puede trabajar en modo visual o en código plano (source)

• al principio aparece una sección entre tres guiones (---) donde se especifican ciertas opciones del documento (se denomina YAML)

• el documento aparece con un texto y código de ejemplo que se puede luego borrar / reemplazar

Sobre formatos de salida

¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

A. Estilo personal (ad-hoc)

B. Protocolo reproducible

¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

Estándares de reproducibilidad

Protocolo IPO - Estructura de archivos y carpetas

Protocolo IPO en contexto R/RMarkdown

Proyectos autocontenidos

• reproducible sin necesidad de archivos externos al directorio

• requisito: establecer directorio de trabajo

  • posición de referencia de todas las operaciones al interior del proyecto

  • también llamado directorio raíz

Estableciendo directorio de trabajo

• forma tradicionalen R:

  • setwd(ruta-a-carpeta-de-proyecto)

  • problemas: hace referencia a ruta local en el computador donde se está trabajando, por lo tanto no es reproducible y se debe evitar

• alternativa sugerida en R: RStudio Projects

RStudio Projects

RStudio Projects

Abriendo la sesión de RStudio como proyecto

• identificar en la carpeta respectiva el archivo .Rproj

• ejecutar y se abre R / RStudio desde ese directorio como raíz